Μετά το τέλος της Επανάστασης, η Κρήτη παραχωρείται στον αιγύπτιο ηγεμόνα Μεχμέτ Αλή έως το 1841 οπότε και επανέρχεται στην τουρκική εξουσία. Το 1878 υπογράφεται η συνθήκη της Χαλέπας. Την εποχή αυτή το Κρητικό ζήτημα έχει πάρει διεθνείς διαστάσεις και αποτελεί ένα από τα ακανθώδη προβλήματα στις σχέσεις Ελλάδας - Τουρκίας με έντονη ανάμιξη και των "Μεγάλων Δυνάμεων" της εποχής. Κατά τον Ιανουάριο του 1897, σφαγές του χριστιανικού πληθυσμού της πόλης από τους Τούρκους και η πυρπόληση των χριστιανικών συνοικιών, δημιουργούν μεγάλη αναταραχή και επισπεύδουν τον ερχομό της αυτονομίας του νησιού. Με την ίδρυση της "Κρητικής Πολιτείας" στα 1898 υπό τον Πρίγκιπα Γεώργιο της Ελλάδας, τα Χανιά γνωρίζουν την μεγαλύτερη ακμή στην ιστορία τους, ως πρωτεύουσα της Κρήτης. Μέσα στο ιδιόρρυθμο αυτό κλίμα ωριμάζουν οι προϋποθέσεις για την ένωση με την Ελλάδα, κυρίως μετά την επανάσταση του Θερίσου το 1905 όπου αναδείχθηκε και η ηγετική μορφή του Ελευθέριου Βενιζέλου. Την 1η Δεκεμβρίου του 1913 γίνεται και τυπικά η ένωση της Κρήτης με την Ελλάδα, με συμβολική ύψωση της ελληνικής σημαίας στο Φρούριο του Φιρκά. Από τότε ολόκληρη η Κρήτη ακολουθεί τις τύχες του ελληνικού κράτους . Ακολουθεί η μεγάλη «μάχη της Κρήτης» ένα έπος του Β' παγκοσμίου πολέμου, για να βρεθεί και πάλι τραυματισμένη από τους βομβαρδισμούς του Β΄ παγκοσμίου πολέμου και ιδιαίτερα τον ανηλεή βομβαρδισμό της πόλης από τη γερμανική αεροπορία τον Μάιο του 1941. Τα Χανιά ήταν η τελευταία ευρωπαϊκή πόλη, που απελευθερώθηκε από τους Γερμανούς τον Απρίλιο του 1945, με τους Γερμανούς να εκτελούν ντόπιους μέχρι την τελευταία στιγμή. Τη δεκαετία του ΄70 η Κρήτη μετατράπηκε σε  τουριστικό προορισμό, πράγμα το οποίο συνέβαλε στην άνθηση της οικονομίας και της πολιτιστικής ανάπτυξης της πόλης. Τα Χανιά έπαψαν να είναι πρωτεύουσα της Κρήτης το 1971, όταν πρωτεύουσα της Κρήτης έγινε πάλι το Ηράκλειο.

Η πόλη των Χανίων χωρίζεται σε δύο βασικά τμήματα. Την παλιά πόλη, με το παλιό λιμάνι, και τη νέα πόλη, εκτός των τειχών. Η παλιά πόλη βρίσκεται κτισμένη γύρω από το βενετσιάνικο λιμάνι και περιβάλλεται από τις ενετικές οχυρώσεις του 1538, που διασώζονται τα ανατολικά και δυτικά τμήματά τους. Στη νότια πλευρά οι οχυρώσεις αυτές καταστράφηκαν στις αρχές του 20ού αιώνα, για να χρησιμοποιηθούν τα υλικά τους στην κατασκευή της αγοράς και διαφόρων άλλων δημοσίων και μη κτηρίων. Παρόλο που βομβαρδίστηκε και καταστράφηκε αρκετές φορές στη μακρόχρονη ιστορία της, η παλιά πόλη των Χανίων θεωρείται από τις ομορφότερες πόλεις της Μεσογείου. Στην πόλη ο ταξιδιώτης μπορεί να συναντήσει δείγματα όλων των πολιτισμών που πέρασαν από αυτήν. Στο κέντρο της βρίσκεται ο λόφος του Καστελιού ο οποίος κατοικείται από τη Νεολιθική εποχή και αποτελεί οχυρή θέση δίπλα στο παλιό λιμάνι. Σε αυτόν βρίσκονται το παλάτι του Ύπατου αρμοστή Κρήτης κατά την περίοδο της Κρητικής Πολιτείας, καθώς και αρχαιολογικοί χώροι από τη μινωική εποχή. Λίγο πιο ανατολικά από το Καστέλι βρίσκεται η Σπλάντζια, η παλιά συνοικία των μουσουλμάνων. Εκεί βρίσκεται και η εκκλησία του Αγίου Νικολάου, που κατά τη διάρκεια της τουρκοκρατίας ήταν το κεντρικό τζαμί των Χανίων και στην ενετοκρατία ήταν ο ναός του Αγίου Νικολάου των Δομινικανών. Έξω από τη εκκλησία βρίσκεται η πλατεία της Σπλάντζιας με τον πλάτανο στον οποίο οι Τούρκοι κρέμασαν τον δεσπότη Μελχισεδέκ Δεσποτάκη. Στη γωνία της πλατείας βρίσκεται ο Βενετσιάνικος ναός του St. Rocco. Περπατώντας προς τη μεριά της θάλασσας βλέπουμε τα Βενετσιάνικα νεώρια (του 1497), τα καρνάγια, που κάποτε κατασκεύαζαν πολεμικές γαλέρες, σήμερα λειτουργούν ακόμη επισκευάζοντας βάρκες και καΐκια. Στον ανατολικό μυχό του Ενετικού Λιμανιού βρίσκεται το Νεώριο Μόρο, στο οποίο σήμερα στεγάζεται ο Ιστιοπλοϊκός Όμιλος Χανίων. Στα δυτικά της παλιάς πόλης βρίσκεται η Νέα Χώρα. Είναι η περιοχή που κατοίκησαν οι μετανάστες από τη Μικρά Ασία μετά την καταστροφή του 1922. Είναι πολύ ήσυχη και όμορφη περιοχή. Κοντά στην παραλία της βρίσκονται ο Ναυτικός Όμιλος Χανίων και το παλιό εργοστάσιο της ΑΒΕΑ, που είναι η πρώτη βιομηχανική μονάδα της Κρήτης το 19ο αιώνα και σήμερα φιλοξενεί σχολείο.