Η εδραίωση της ρωμαϊκής αυτοκρατορίας στην Κρήτη γίνεται το 69 π.Χ.  Πρωτεύουσα του νησιού γίνεται η Γόρτυνα αλλά πολλές πόλεις ακόμα γνωρίζουν σημαντική ανάπτυξη. Ανάμεσά τους η  Κνωσός, η Φαιστός, η Λυττός, η Κυδωνία, η Πολυρρήνια, η Άπτερα, η Ελεύθερνα, η Αξός, η Χερσόνησος, η Ιεράπυτνα κ.ά. Οι Ρωμαίοι επηρεάζουν το νησί, αλλά σε καμία περίπτωση δεν αλλοιώνουν τον ελληνικό του χαρακτήρα. Τα ήθη, τα έθιμα, η γλώσσα και η θρησκεία διατηρούνται. Με την αρχιτεκτονική τους και τη διοικητική τους οργάνωση συμβάλλουν στην ανάπτυξη του νησιού. Οι πόλεις αποκτούν πολυτελή ρωμαϊκά οικοδομήματα, ναούς, στάδια, ωδεία, υδραγωγεία, δεξαμενές κ.ά. Η Κρήτη ήταν πυκνοκατοικημένη κατά τη περίοδο αυτή, τα χωριά πολλαπλασιάστηκαν και πλησίασαν το ένα με το άλλο και ο πληθυσμός αυξήθηκε. Οι κάτοικοι κρατούν τις παραδόσεις τους, τις λατρευτικές τους συνήθειες και τη γλώσσα τους. Κατά τη περίοδο αυτή φτάνει στο νησί ο Απόστολος Παύλος και αρχίζει να διαδίδει τη νέα θρησκεία στους κατοίκους του. Ο μαθητής του Τίτος συνεχίζει το έργο του και ιδρύει τις πρώτες εκκλησίες στο νησί.