Κατά τη κλασσική και ελληνιστική περίοδο (500 – 69 π.Χ.) η Κρήτη βρίσκεται στην αφάνεια και είναι αποκομμένη από τα υπόλοιπα ελληνικές πόλεις-κράτη. Χαρακτηριστικό είναι πως δεν συμμετέχει στους πολέμους κατά των Περσών, ούτε και στον Πελοποννησιακό πόλεμο.  Πολύ αργότερα  η Κρήτη παίρνει μέρος στην εκστρατεία του Μεγάλου Αλεξάνδρου με τα πλοία της.  Οι Κρήτες θέλοντας να έχουν την προστασία κάποιου από τους ισχυρούς ηγεμόνες της εποχής, ανακηρύσσουν τον Φίλιππο Ε΄ προστάτη του νησιού. Όσο περνούν τα χρόνια οι εσωτερικές διαμάχες στο νησί εντείνονται και επικρατεί αναρχία, κάτι που εκμεταλλεύονται οι πειρατές της Κιλικίας οι οποίοι κυριαρχούν αυτήν την περίοδο στη Μεσόγειο. Οι πειρατές με ορμητήριο την Κρήτη εκστρατεύουν εναντίον της Ρώμης. Αυτή ήταν και η αφορμή να επέμβει στη συνέχεια η Ρώμη στα εσωτερικά του νησιού. Έτσι το 67 π.Χ., μετά από δύο χρόνια σκληρές μάχες οι Ρωμαίοι υποδουλώνουν την Κρήτη. Μια νέα περίοδος αρχίζει…