Ο καινοζωικός είναι ο νεότερος αιώνας της γεωλογικής ιστορίας της γης. Ο καινοζωικός ακολουθεί το μεσοζωικό αιώνα. Η διάρκειά του υπολογίζεται σε 70 εκατ. χρόνια και χωρίζεται σε τρεις περιόδους, που η καθεμιά έχει  τελείως διαφορετική διάρκεια.

Η παλαιογενής, που διήρκεσε 40 εκατομμύρια χρόνια, η νεογενής που διήρκεσε 29 εκατομμύρια χρόνια και σ' αυτή δημιουργήθηκαν και εξελίχθηκαν τα περισσότερα θηλαστικά που ζουν σήμερα και η τεταρτογενής ή ακόμη και ανθρωπογενής, που κράτησε μόνο ένα εκατομμύριο χρόνια και χαρακτηρίζεται από την εμφάνιση του ανθρώπου.

Ολόκληρος ο καινοζωικός αιώνας χαρακτηρίζεται από τις μεγάλες και πολύ εντατικές  κινήσεις  και ανακατατάξεις του φλοιού της γης. Κατά τα τέλη του Μειόκαινου, περίπου 5 εκατομμύρια χρόνια πριν από σήμερα, σημειώθηκαν καταβυθίσεις και ανυψώσεις με αποτέλεσμα να εισχωρήσουν στην τεράστια αυτή ξηρά υδάτινοι όγκοι, σχηματίζοντας τμήμα του Αιγαίου και μεγάλες εσωτερικές λίμνες.

Ήταν αρχή του καινοζωικού γεωλογικού αιώνα, περίπου 35 εκατομμύρια χρόνια πριν, όταν σχηματίστηκε η Αιγηίδα, μια απέραντη στεριά από τα δυτικά της Κέρκυρας και της Κεφαλονιάς έως τις μικρασιατικές ακτές, την Αδριατική θάλασσα μέχρι και την Κρήτη.  Επίσης από τα νότια της Γαύδου μέχρι τα βόρεια της Μακεδονίας. Αργότερα, περίπου 18 εκατομμύρια χρόνια πριν, ξεκίνησε ο κατακερματισμός  της Αιγηίδας, ανυψώθηκαν οροσειρές μεταξύ των οποίων και οι κρητικές πτυχώσεις. 

Το Πλειστόκαινο ονομάζεται και Διλούβιο ή περίοδος των Παγετώνων (2.000.000-12.000 πριν από σήμερα). Αντιστοιχεί χρονικά στην Παλαιολιθική εποχή, δηλαδή την πρώτη και χρονικά εκτενέστερη περίοδο της εποχής του Λίθου.   Χαρακτηρίζεται κλιματολογικά από εναλλαγές θερμών και ψυχρών περιόδων.

Στη διάρκεια του Πλειστόκαινου (περίοδος Παγετώνων), και συγκεκριμένα 400.000 χρόνια πριν από σήμερα, πολλά από τα σημερινά νησιά αποτελούσαν τμήματα της ίδιας στεριάς (π.χ. οι Κυκλάδες).  Την εποχή αυτή, η οποία αντιστοιχεί στην Παλαιολιθική, ο κορμός της ηπειρωτικής Ελλάδας καλύπτεται από πυκνά δάση. Στον ελλαδικό χώρο ζουν ο άνθρωπος του τύπου Νεάντερνταλ, αλλά και  μαμούθ, άρκτος των σπηλαίων, ελέφαντας και νάνος ελέφαντας, ιπποπόταμος ο αρχαίος, ελαφοειδή, ίπποι και βοοειδή. Στην Κρήτη, η θάλασσα βρίσκει διεξόδους ανατολικά και δυτικά του σημερινού νησιού, το οποίο σταδιακά αποχωρίζεται από τη στεριά στα βόρειά της. Στην αρχή σχηματίζεται ένα επίμηκες νησί με ακανόνιστο σχήμα, αλλά οι γεωλογικές αναστατώσεις που συνεχίζονται κατακερματίζουν το νησί. Η θάλασσα χωρίζει τα Χανιά από το Ηράκλειο και αυτό από το Λασίθι, ενώ το ανατολικό τμήμα αποτελεί ξεχωριστό νησί. Αργότερα, νέες ανυψώσεις ενώνουν μεταξύ τους τα κομμάτια της γης. Η Κρήτη παίρνει περίπου τη σημερινή της μορφή 400.000 χρόνια πριν…

Η πρώτη εγκατάσταση ανθρώπου στην Κρήτη έγινε τη Νεολιθική εποχή. Σύμφωνα με ενδείξεις όμως το νησί κατοικείται από τη Μεσολιθική ή και τη Νεότερη Παλαιολιθική περίοδο. Οι νεολιθικοί χρόνοι στην Κρήτη ξεκινούν από το 6.200 π.Χ. περίπου μέχρι τα μέσα της 3ης π.Χ. χιλιετίας. Τα ευρήματα , αν και λιγοστά, αποδεικνύουν  την κατοίκιση της περιοχής από τον άνθρωπο της Νεολιθικής εποχής, ο οποίος χρησιμοποιούσε τα σπήλαια ως μόνιμες κατοικίες και λατρευτικούς χώρους, αλλά με τη πάροδο του χρόνου, ξεκίνησε να κατασκευάζει μόνιμες κατοικίες, καλλιεργούσε τη γη, είχε οικόσιτα ζώα και χρησιμοποιούσε εργαλεία και σκεύη, από πέτρα, κόκαλο και πηλό.

Εικάζεται, πως οι πρώτοι κάτοικοι στο νησί έφτασαν από τα παράλια της Μ. Ασίας, ή από τη Βόρεια Αφρική. Σημαντικό γεγονός στο τέλος της Νεολιθικής ήταν η έναρξη της καλλιέργειας της ελιάς, που ενσωματώθηκε στις αγροτικές δραστηριότητες καθορίζοντας σε μεγάλο βαθμό την παραγωγική αυτάρκεια της Κρήτης. Οι πιο εκτεταμένοι και πλούσιοι οικισμοί βρέθηκαν στην Κνωσό, τη Φαιστό και τη Μαγκασά της Σητείας. Ανασκαφές, έχουν αποκαλύψει, όπλα, αγγεία, εργαλεία, λεπίδες και πελέκεις καθώς και λατρευτικά αντικείμενα αφιερωμένα στη θεά της γονιμότητας.