Η πρώτη εγκατάσταση ανθρώπου στην Κρήτη έγινε τη Νεολιθική εποχή. Σύμφωνα με ενδείξεις όμως το νησί κατοικείται από τη Μεσολιθική ή και τη Νεότερη Παλαιολιθική περίοδο. Οι νεολιθικοί χρόνοι στην Κρήτη ξεκινούν από το 6.200 π.Χ. περίπου μέχρι τα μέσα της 3ης π.Χ. χιλιετίας. Τα ευρήματα , αν και λιγοστά, αποδεικνύουν  την κατοίκιση της περιοχής από τον άνθρωπο της Νεολιθικής εποχής, ο οποίος χρησιμοποιούσε τα σπήλαια ως μόνιμες κατοικίες και λατρευτικούς χώρους, αλλά με τη πάροδο του χρόνου, ξεκίνησε να κατασκευάζει μόνιμες κατοικίες, καλλιεργούσε τη γη, είχε οικόσιτα ζώα και χρησιμοποιούσε εργαλεία και σκεύη, από πέτρα, κόκαλο και πηλό.

Εικάζεται, πως οι πρώτοι κάτοικοι στο νησί έφτασαν από τα παράλια της Μ. Ασίας, ή από τη Βόρεια Αφρική. Σημαντικό γεγονός στο τέλος της Νεολιθικής ήταν η έναρξη της καλλιέργειας της ελιάς, που ενσωματώθηκε στις αγροτικές δραστηριότητες καθορίζοντας σε μεγάλο βαθμό την παραγωγική αυτάρκεια της Κρήτης. Οι πιο εκτεταμένοι και πλούσιοι οικισμοί βρέθηκαν στην Κνωσό, τη Φαιστό και τη Μαγκασά της Σητείας. Ανασκαφές, έχουν αποκαλύψει, όπλα, αγγεία, εργαλεία, λεπίδες και πελέκεις καθώς και λατρευτικά αντικείμενα αφιερωμένα στη θεά της γονιμότητας.